La Guerra Civil que asoló a gran parte de España, no fue una lucha por la República, aunque así lo quieran ver algunos, ni tampoco por una cuestión dinástica como han pretendido ver otros. Ni tan siquiera fue un problema inter-regionales en el seno de una gran patria.

• La guerra fue, en el fondo, una contienda de principios, de doctrinas, de un concepto de la vida y de un hecho social contra otro, de una civilización contra otra.
• Fue la guerra que sostuvo el espíritu cristiano y español contra el materialismo marxista. Es decir, de una parte la vieja tradición e historia de España y, de la otra, el que quiere destruir todos los valores de nuestra vieja civilización.
• Fue, en resumidas cuentas, y en palabras del cardenal Gomá, la lucha de España y la anti-España, de la religión y el ateismo. De la civilización cristiana y la barbarie. Para terminar con estas otras:
  • «Nos hallamos en una cruentísima guerra civil, en la que toman parte, junto con los ejércitos contrarios, el pueblo español con sus dos tendencias opuestas, nacional y marxista» .

El 12 de abril de 1933 fue nombrado Arzobispo de Toledo y Primado de la Iglesia española, rompiendo de esta manera la tradición de que fueran ya arzobispos los elevados a la dignidad de Primado.

• El 2 de julio, acompañado del nuncio, monseñor Tedeschini, hizo su entrada en su nueva diócesis publicando a los pocos días su primera pastoral, como Primado de España, que llamó: Horas graves, dada precisamente la gravedad por la que atravesaba España, no ya en el orden religioso, sino también en lo político, social, moral y hasta económico:

En octubre de 1934 se encuentra en Argentina y el día 12, sin que seguro estuviera enterado de los acontecimientos producidos en España con motivo de la Revolución de Asturias donde fueron asesinados sacerdotes, religiosos y seminaristas, pronunció en el Teatro Colón de Buenos Aires el discurso conmemorativo de la Fiesta de la Raza bajo el título, Apología de la Hispanidad.

Al ser nombrado Primado de España no fue al mismo tiempo elevado al cardenalato.

• Lo sería el 19 de diciembre de 1935 cuando le llegó de Roma el nombramiento creado como tal en el Consistorio del día 16 de ese mes y año.
• Esta situación, es decir, el que estuviera algo más de dos años siendo Primado sin ser Cardenal, contribuyó «a hacer quebradiza su causa», pero no por ello dejó de defender los derechos de la Sede toledana.
• Para nadie era un secreto el viejo pleito entre Toledo y Tarragona, arzobispo entonces de esta diócesis el cardenal Vidal i Barraquer, que no disimulaba sus intentos de robustecer el influjo de esta capital catalana sobre toda Cataluña.

En febrero de 1936 y apenas de haber ganado las elecciones el Frente Popular se vuelve a producir la quema de iglesias y conventos en un número bastante elevado.

• El propio Azaña el 17 de marzo escribió a su cuñado Rivas Cherif estas palabras:
  • «Hoy nos han quemado Yecla: 7 iglesias (…). El sábado, Logroño, el viernes Madrid 3 iglesias. El jueves y el miércoles, Vallecas…».
• Varios sacerdotes fueron amenazados y obligados a salir de sus respectivas parroquias, en algunos casos de forma violenta.
• Fueron frecuentes los robos en las iglesias y profanaciones de cementerios y sepulturas, como la del obispo de Teruel, Antonio Ibáñez Galiano.

La guerra sorprende al cardenal en Tarazona y como Primado de España le correspondió un importante protagonismo durante toda la contienda.

• Entre diciembre de 1936 viajó a Roma después de haber enviado al cardenal Pacelli una carta de fecha 11 de ese mes en la que dice que después de las informaciones, «desde que estalló el gravísimo conflicto en que se ventila el porvenir de nuestra nación», que le había remitido desde España, le añade ahora las que ha formulado bajo estos epígrafes: «I. Situación actual de España. II. Nacionalismos. III Problemas derivados de la guerra. IV. Inmunidades y privilegios eclesiásticos. V. Actuación ante el Gobierno. VI. Servicios Eclesiásticos Castrenses. VII. Acción Ministerial y Acción Católica».  

La primera visita que realizó, nada más llegar a Roma, fue al Secretario de Estado, cardenal Pacelli.

• Desde el primer momento le insiste la conveniencia de reconocer al nuevo Gobierno de Burgos por parte del Vaticano.
• Al mismo tiempo recibe la grata noticia de que el Papa quería tener un entrevista personal con él. Pero el ambiente que encontró en Roma hacia el bando franquista no era el que él esperaba debido a la enorme campaña que ejercía en muchos medios la propaganda marxista y a la que ahora se unía la de los nacionalistas vascos y catalanes.
• Fue entonces cuando resuelve redactar un nuevo Informe que entrega al cardenal Pecelli el 15 de diciembre después de enviarle una carta.
• En otro momento del Informe se refiere al Gobierno de Burgos como máxima garantía en cuestión de su adhesión a la Iglesia, a su doctrina y leyes. «Sí puede afirmarse que en su conjunto forma un bloque de hombres cristianos, la mayor parte católicos prácticos, varios de ellos hasta piadosos, que están dispuestos a orientar al Estado Español en el sentido de su tradición». Arremete contra los partidos que forman el conglomerado marxista donde «no hay un solo hombre que no repudie a la Iglesia y que no haga cuanto esté de su parte para destruirla». Habla del nacionalismo vasco, «hoy aliado de los rojos», en el que piensa que hay muchos y buenos, y que por eso no deja de ser «una verdadera aberración».  Le dice también que está convencido de que el movimiento militar es el «único recurso de salvación de que disponíamos».

No obstante al interés que en todo momento estaba poniendo el cardenal Gomá para que el Gobierno de Burgos fuera reconocido por el Vaticano, éste no acababa de decidirse.

• El propio cardenal lo deja anotado en su Diario, después de haber hablado con Mons. Tardini, Sustituto de Secretaría de Estado: «Me dice que no procede por el momento el reconocimiento del Gobierno de Burgos». Poco días después, y por la decisión tomada por el Vaticano, escribe de nuevo en su Diario: «Me notifica [Pacelli] el nombramiento de Encargado confidencial ante el gobierno de Franco, con dos cartas, una credencial para que la lea el general, y otra secreta, dándome instrucciones para la defensa de la Iglesia». A continuación, Mons. Gomá pasó a tener la última audiencia con Pío XI.

Terminadas sus gestiones en Roma, retorna más que satisfecho a España el 21 de diciembre a su residencia de Pamplona, y  el día 29 de ese mes se ve en Salamanca con Franco dándole cuanta de todas las decisiones vaticanas.

• El entendimiento entre ambos personajes fue bueno y el cardenal una vez terminada la entrevista elaboró una nota que pasó al general para su aprobación. Una vez conseguida ésta, envió a Roma los acuerdos alcanzados. Desde este momento el objetivo de la España nacional era conseguir el reconocimiento diplomático pleno de la Santa Sede.
• Se había dado el primer paso con la complacencia como representante oficioso de Mons. Gomá ante la Santa Sede, pero aún quedaba mucho camino que recorrer. Sin embargo, para el cardenal era preciso que el Vaticano reconociera cuanto antes al régimen de Franco. El Primado hablaba de las excelentes relaciones que mantenía con el general.

El día 10 de mayo de 1937 el cardenal vuelve a entrevistarse con Franco y éste, una vez más, mostró su preocupación por la influencia ante la Santa Sede de algunos sacerdotes nacionalistas.

• Por ello propuso al Primado que los obispos españoles fueran también a Roma a exponer al Papa la verdadera situación de lo que estaba ocurriendo con la Iglesia en los territorios ocupados por los rojos. Gomá mostró su disconformidad a esa idea y así se lo dijo.
• Por el contrario, le habló entonces del proyecto de ese escrito algo que, por otra parte, también le había pedido Franco en cuanto a la conveniencia de la publicación de un documento dirigido a los obispos de todo el mundo.

Al estallar la guerra había en España 59 obispos, 58 de ellos residentes en territorio español (el cardenal Segura residía en Roma).

• Cuando se publicó la Carta colectiva, 1 de julio de 1937, ya habían sido asesinados 11 obispos.
• Disponibles para firmarla había 48, y la firmaron 43, más 5 Vicarios: el de Sigüenza, Cádiz, Ceuta, León y Valladolid.
• No la firmaron el cardenal Vidal i Barraquer, de Tarragona; Múgica, de Vitoria, ambos fuera de España, pero que, por distintos motivos, se opusieron a su redacción; Erastoza, de Orihuela, retirado y enfermo en San Sebastián; Torres y Ribas, de Menorca, que estaba en zona roja; y el cardenal Segura que se encontraba en Roma con los ánimos muy contrariados porque el Vaticano no le había restituido a su Sede Episcopal y no tenía cargo alguno en España.

La llamada Carta colectiva,  así conocida por todo el mundo, fue concebida no como una tesis sino simplemente como una exposición de los acontecimientos que se desarrollaban dentro de nuestra patria y de la que la Iglesia no era culpable, pero la que tampoco podía permanecer indiferente en la lucha porque se lo impedían su doctrina y su espíritu.

• El contenido de la misma es bastante extenso y aunque gran parte de lo que en ella se exponía no era nuevo sino que ya venía exteriorizándose a través de muchos obispos españoles y del propio cardenal Gomá no por ello dejó de tener una enorme difusión a la vez que aceptación por parte de los obispos extranjeros.

En octubre de ese mismo año, hizo su presentación oficial como Encargado de Negocios en el Palacio de la Isla en Burgos, Mons. Antoniutti en representación de la Santa Sede.

• Al mismo tiempo dirigía a todos los obispos españoles su primer saludo oficial: «Nombrado por su Santidad Encargado de Negocios de la Santa Sede cerca del gobierno de la España nacional, mi primer acto es enviar un saludo reverente y cordial al dignísimo Episcopado de esta nobilísima y católica Nación».
• Este mismo mes, el cardenal Gomá finalizaba su gestión como representante del Vaticano ante el Gobierno de Franco de quien ya había recibido una carta a través de su jefe del Gabinete Diplomático y del Protocolo, Federico Oliván, en la que le manifestaba «su agradecimiento por la inteligente gestión y parte activísima que ha tomado en el acercamiento de la Santa Sede a esta España religiosa y abnegada».